正当惠安工农革命军在中共惠安特支领导下，加紧政治军事训练，准备实行武装暴动，开展游击战争的时候，国民党海军陆战队驻惠安林炳州补充团，于1928年1月11日突然包围袭击了特支驻地涂岭魁星楼，特支书记王德彰、军事干部林泽民、林树芬等3人被捕。惠安党组织再次受到挫折，各级党组织迅速围绕解救被捕同志展开了一系列斗争。20日，中共福建省委发出指示信，要求惠安特支应把这一斗争变成以反抗烟苗捐为主要内容的抗捐运动，“因为这个运动才可以使广大农民参加，同时农民革命情绪才可以维持长久。”在斗争方向上要“以涂岭为中心，并注意扩大斗争范围”，“逐渐向惠安城内发展”。为加强对这一斗争的领导，省委还指示，在组织方面，可以成立惠安临时县委。但是，由于敌人的严密控制，党内缺乏强有力的领导人，省委的指示没有实现，特支也无形瓦解，其余党员迅速分散，转入隐蔽活动。

1929年6月底，中共福建省委派朱思到惠安工作，恢复和发展党团及群众组织，至8月，全县恢复发展党员75人，成立6个党支部和1个党小组。9月7日，中共惠安县第一次代表大会在城廓东张村召开，正式成立中共惠安县委，朱思为书记，委员陈平山、骆拨才，候补委员王裕、陈冬水，下辖6个区委。大会提出的明确任务是：争取群众，组织武装，开辟游击根据地，成立苏维埃政权。与此同时，成立共青团惠安县委，书记林权民。9月14日，中共福建省委肯定了这次会议，批准了县委领导成员，并指出：“你们此次召开代表会议，改组了指导机关，执行了党的纪律，并计划了今后工作，这表示惠安的党（组织）已向前发展，具有活泼的朝气。县委应坚决的号召全体同志以艰苦耐劳的精神去积极的发展惠安党的工作。”

惠安县委成立后，即根据省委的指示，派陈平山、蓝飞鹤打入国民党县民团总部，奔走于县城与东岭、净峰、小岞等地，开展兵运工作，组织地下武装力量；派苏克明、庄毓英（后叛变）以办后洋乡民团为掩护，打入崇武民团张灿内部，成立党组织领导的武装基干队伍。为了推动全县农运的发展，县委于9月间发动群众开展清算“包税”斗争，逮捕了国民党惠安县政府“税契处”主任徐觉民，吓跑了县长周协民，掀起了抗租、抗税、抗捐、抗粮、抗债的斗争热潮。11月，在领导开展“五抗”斗争中，为营救被捕的6名学生，县委书记朱思和何邦基、陈若凡、汪镇基、王金城，曾志成等6人不幸被捕，县委机关迁往后洋、前林一带，县委领导成员作了调整，由陈平山任书记，委员林权民、骆拨才、王裕、陈冬水．6个区委改成12个支部，全县有党员60人。

根据泉属各县斗争的发展和需要，省委加强了对这一地区工作的领导。1929年10月16日，省委发出指示信，要求泉属各县的工作应该注意三大干路的联系，“第一由泉州到莆田”，这一路要特别注意洛阳、惠安县城、涂岭、枫亭、涵江的工作；“第二由泉州到同安”，这一路要特别注意安海、马巷、同安县城；“第三由泉州到德化”，这一路要特别注意洪濑、诗山、永春县城。同时要求，第一路与福州、第二路与厦门、第三路与闽西加强联系。为此，省委要求泉属各县必须“建立农运的中心工作”，发动和扩大群众的斗争，为武装斗争作准备。

中共泉州县委于1929年3月成立，开始时，书记为李国珍。同年夏，省委曾派江德贤（杨树青）任书记，但不久被捕牺牲。省委指示信发出后，泉属党组织得以巩固和发展，为加强泉属地区的工作， 1930年春，省委派许依华到泉州工作，担任中共泉州县委书记。此时，县委有执委7人、常委5人、候补执委2人，下辖15个支部，有党员60人。泉州县委成立后，泉州、惠安、南安的工作有了较大发展，中共泉州县委成为晋江、南安、惠安党组织的领导中心，南安区委和惠安县委均归泉州县委领导。