1940年夏，泉州沿海一带发生飓风，崇武、永宁附近几百艘商船进入内港避风。7月14日上午，日军两艘军舰突然窜入深沪湾梅林港，炮击沿岸的后杆柄、外高、下宅、郭坑等村庄，永宁、外高等村都有房屋被毁。次日黄昏，日军又派10多艘小艇在海面窥视，加速进犯永宁地区。

16日凌晨4时，日军两艘航空母舰从外海驶来，直逼深沪湾，随后又有6艘大型军舰、4艘登陆快艇、几十只橡皮小艇，疾驶永宁深沪湾，把深沪湾海域紧紧围住，3架飞机从航空母舰起飞，在永宁附近上空盘旋侦察。当守卫在外高的海防战斗队岗哨发觉日军登陆，欲鸣枪示警却因子弹变质不响时，驻防的国民党第八十师某营见势不妙，即匆忙从永宁撤退到坑东村。不久，日航空母舰又有4架飞机起飞，轰炸、扫射永宁及附近乡村，在飞机掩护下，日军200余人分两路从外高和梅林登陆。日军一登陆就实行烧光、杀光、抢光的“三光”政策。不仅把梅林港的45艘渔船、63艘商船尽行烧毁，而且把港边店铺、村中的学校和民房也焚毁殆尽。日军冲至单桥，正逢逃难的梅林村民，大量无辜村民当即惨死于桥下。日军占据永宁后，设临时作战指挥部于观音亭宁东楼，竖起太阳旗，同时分兵至附近乡里。日军所到之处，烧杀奸淫，无恶不作，惨状难以言喻。其暴行波及梅林、港边、沙尾、岭兜、外高、浯沙、金壕、西厝、沙埕、郭坑、下宅、后杆柄等10多个村庄。烧毁大小渔船、商船、货舶等近300艘，烧毁行店、仓库、栈房40多间、校舍3所、楼房50多座；炸毁楼房6座；烧毁货物无数；杀害村民80多人，伤者10余人，奸淫妇女多人。永宁“各乡扶老携幼之难民，哀声震数里，惨不忍闻”。烧杀淫掠直至下午4时，日军方在飞机盘旋掩护下撤回军舰。

在永宁人民遭受百般涂炭之际，崇武镇也横遭空前劫难。7月15日，数艘日舰侵入崇武半岛北面的后海窥探，另有一艘日舰停泊在崇武港东南的海面上。16日凌晨4时许，后海日舰放下小艇，在海上游弋。天亮后，日军集中300余兵力对崇武发起突袭，以一艘小型航空母舰、6艘战斗舰，运载飞机7架、大小汽艇几十艘分别驶进后海与前垵湾。6架飞机在崇岞港一带空中低飞侦察，投下青石、巨石后继而投弹狂轰滥炸，低空扫射。在军舰炮火、飞机炸弹掩护下，日军分兵由后海登陆，一路进攻港墘大岞红子山，至崇武东城；一路由文昌阁再从后海、山屿、港墘等处登陆，通过中北门和东门窜入崇武镇。日军一路烧杀抢掠，将油行仓库里的煤油抢运至港关、后海、三屿、港墘、大岞、前垵等商、渔船集中的地方，把船只泼上煤油放火焚烧，计烧毁436艘。熊熊大火从16日烧至17日，日军烧杀抢掠至傍晚，将抢劫所得大批物资搬运回舰，随之退回金门、厦门据点。在此惨案中崇武镇各乡死伤居民145人，被毁房屋566间，数以千计渔民、船民流离失所，生计无着。

在日军惨无人道的“三光”暴行面前，沿海爱国军民仍然奋起反抗。当日军从外高登陆时，就有20多名海防武装战斗队员，据守在外高到金埭村外的战壕里，以誓死保卫国土的口号互相鼓励，坚守阵地，浴血奋战，终因装备落后，力量悬殊，全部牡烈牺牲。

一些村落的村民和武装战斗队员，在危难之中也纷纷组织起来，与敌周旋，拼力抵抗。日军进犯永宁镇公所，镇警持枪抗击，终以枪弹不继而被攻陷，镇警或英勇殉职，或身负重伤。在永宁，两个被日军抓去当挑夫的蔡姓民工不愿为敌挑运子弹，南门酒店的郑孔钗夫妇拒绝给日军贴标语，均被杀害；在崇武，船民李桂树，抗拒日军烧船也被杀害。沿海军民奋起反抗日军入侵的事迹，与国民党当局的不抵抗行径，形成了鲜明的对照。

永宁惨案和崇武惨案的发生，既是日军加紧侵略、得寸进尺带来的恶果，也是泉州地区国民党顽固派消极抗日、积极反共、解散群众抗日武装造成的苦果。