根据华中局的指示，福建省委于1945年5月21日上午在长乐县南阳村召开会议，决定：省委机关立即撤出南阳村；游击队进行整编，分成若干小分队进行活动；立即撤离隐蔽在伪军中的海上武装队伍，并派粘文华前往湄州岛部署撤离事宜。又派闽南特委副书记蔡文焕率一个基干班10人赶往惠安接应。但由于行动迟缓，错过时机，闽中海上抗日游击队于6月上旬被伪军副司令员黄玉树及省保安队第一团包围于莆田忠门东吴村，中队长张国强被枪杀，特委委员张伯庭、邱子国等人被捕后也遭杀害。200多人的海上抗日游击队被解体。东吴事件的发生，是闽中党组织的一个惨痛教训。

蔡文焕一行于5月21日下午从南阳村出发，步行几公里到了长乐海边牛头湾。这时又增加了王天民等4人。蔡文焕等临时决定乘木船离开牛头湾驶向渭洲岛。5月22日下午，当船行驶至南日岛北侧海面时，与国民党军在海上的巡逻船发生遭遇战，王天民腿部中弹受伤，天黑后，船开到黄瓜屿厝份停泊，除船工外，14人均上岛隐蔽。6月6日发现国民党军分乘几条木船由莆田埭头海面向黄瓜屿进军，蔡文焕除留下王天民养伤外，即带领船上基干班于当晚撤出黄瓜屿，向南航行往渭洲岛寻找隐蔽在伪军中的海上游击队驻地，发现空无一人。后获悉，伪“和平救国军”已经投靠国民党军了，整个队伍移驻东埔村西埕。于是，船开往西埕，继续寻找海上游击队。到了沃口，发现了国民党的哨船，又得悉海上游击队已被国民党军整編掉了。于是将船迅速驶离沃口，向惠安蜂尾方向进发。这时又遭国民党军哨船尾追，蔡文焕即将所乘木船开往大海，甩掉敌船。当晚，蔡文焕等人将木船驶至渭洲岛东南部海边停泊。当时，海上游击队联系不上，莆田、惠安沿海港口已被国民党军严密封锁。在这种情况下，木船如继续在此停泊，可能遭国民党军的炮击，如果驶往惠北三朱，要经过湄洲湾的沃口，又可能与国民党军哨船再次遭遇。因此，蔡文焕采纳了基干班长林萱的意见，开往林的老家——晋江科任村。由于蔡文焕擅自改变行军路线和所要去的地点，未能完成省委给的接应海上游击队的任务，并导致了科任事件的发生。

6月8日早晨，蔡文焕率基干班，计12人乘船从湄洲港启航向晋江科任的海面驶去。8日下午1时左右，船到达科任村圳山南面停泊，林萱泅水上岸，到外东山的园地里遇见中共科任支部党员陈煖屈，即向陈说明蔡文焕等同志已乘船来到龙虾门内。陈介绍了科任村有国民党自卫队10几人驻在华侨吕子清的楼房里等情况。两人经商量，决定队伍夜里上岸。随后，陈煖屈返回村里，向支部领导汇报，并通知林萱的父母亲做准备。晚上，林萱进村到陈煖屈家，党员吕俊番、吕子目也在陈家。林萱写了一封简信给当时泉州中心县委负责人侯如海，告诉他蔡文焕率基干班到科任村，要他见信立即赶来科任。信交科任支部派人转出去，后按原计划由林萱、吕俊番、陈媛屈、吕子目、吕良奎一起到圳山海边，准备接应蔡文焕等上岸，却恰逢台风前夕，风浪太大，船无法靠岸。3人只好回家，并约好第二天晚上再去。林萱、吕俊番就在海边石洞过夜。9日早晨，林萱、吕俊番泅水登上船。晚上，吕良奎、吕子目、陈煖屈如约来到海边，于是蔡文焕、林萱等12人便一一上岸。吕俊番、吕子目、陈煖屈、吕良奎照料帮助有病的同志，于午夜到达科任村，住在林萱家里。6月10日、11日隐蔽休息。

6月12日早晨，由于村里保长陈青山告密，驻科任村的原自卫队中队长张宜发带着一个班的自卫队员，突然闯进林萱家，荷枪实弹地把蔡文焕和林萱押送到深沪镇公所。

发生蔡文焕、林萱突然被捕的情况，科任支部即派吕德蓉去向吕宅支部负责人许逊钿反映，请他尽快向上级组织报告，设法营救蔡文焕等，并帮助把隐蔽的同志转移出去，同时派陈煖漂以村自卫队员身份去探听敌情，了解被捕的人关在什么地方，派吕俊番、吕良奎把尚隐蔽在林萱家里的10位同志带走，分散隐蔽在群众家里。吕德蓉去吕宅村找到许逊钿，许带吕去坑边颜厝村找颜竖，经商量，决定把隐蔽的同志转移出来后，安置在坑边颜厝北面一座偏僻的小庙里，并约定晚上7时由吕俊番把10位同志带出来，许逊钿等人负责接应。可是，这个计划还来不及实施，国民党当局就已调集深沪、金井镇的大批军警特务押着蔡文焕，于12日下午2时多包围了科任村。他们一面召集保甲长及村自卫队开会，威胁诬蔑这些人是“海匪”、“奸匪"，要村民协助缉拿，并扬言窝藏者同罪；一面把林萱家附近的西片封锁起来，逐户搜查。结果，除2位同志在群众帮助下脱险外，分散的其余8人被捕，同时有一批枪支弹药及地下党文件也被搜获。此为“科任事件”。

科任事件发生后，科任村的汉奸吕觉剑及三青团骨干、保长等反动分子策划要在村里抓所谓“内应”。国民党军警特务也出动搜捕“嫌疑分子”。科任支部及时研究对策：一是利用各种关系了解敌人动态；二是向党员和基本群众说明这是一支抗日武装，不是什么“海匪”，稳定大家的思想，振作革命意志；三是把可能暴露身份的党员立即转移到外地隐蔽。

不久，泉州中心县委派吴珊到坑边村颜厝了解科任事件发生的情况，吴珊听了吕德蓉的汇报后说，中心县委负责人得知此事时，曾计划集中一部分武装，在路上截救蔡文焕等人，但因国民党当局连夜从海上转移未能实施。中心县委要求科任支部党员要坚持斗争，继续做好隐蔽工作，迎接抗日战争最后胜利的到来。

蔡文焕、林萱等10人被捕后即于6月12日被连夜用船送永宁镇转押去泉州、莆田，除极个别自首叛变外，大都英勇牺牲。

因蔡文焕不幸被捕，侯如海事前开列给他的一份泉属党组织干部名单（共有30多名）也落入兴泉永指挥官陈重手中，陈立即派军警、特务到处搜捕这些骨干。泉州中心县委虽及时通知各地党组织转移党员干部，但尚有一些同志未接到通知即被捕或被捕后遭杀害。被捕的有陈纯元、李焕堂等，被害牺牲的有吴天亮、洪瑞星等。科任事件的发生，让泉属党组织遭遇一次严重挫折和损失。