解放战争时期，泉州党组织分别隶属于中共福建省委（1947年2月改为闽浙赣区党委，11月改为闽浙赣省委，1949年6月，新的中共福建省委宣告成立）和中共闽粤赣边区委。这个时期，泉州党组织先后组建了属于闽浙赣系统的泉州游击队、闽浙赣人民游击纵队闽中支队泉州团队、闽中支队惠安人民游击大队、闽中支队仙德人民游击总队。泉州团队下辖晋江游击大队、晋南同游击大队、晋南永游击大队和南安、安溪、永春、同安等县的游击队；属于闽粤赣系统的有安溪人民游击队和安南同人民游击大队、永春人民游击大队、德化人民游击大队。在游击区的人民武装被编为中国人民解放军闽粤赣边区纵队第八支队第四团，下辖一营（安溪）、三营（永春）、五营（漳平）、七营（长泰）和独立十四连（安南同），以及安南同游击大队、同龙海游击大队、南安游击队、大田游击队。在泉州及沿海的人民武装被编为闽西南联合司令部泉州武装工作团，辖惠安、同安、晋江3个游击大队。

1945年8月9日，中共中央就预见到全面内战危机将日益严重，并在《关于闽粤赣边工作方针与部署的指示》中指出，华南“为国民党首先争夺之所”，闽粤赣边“是将来内战顽我必争的战略据点”“必须加强一切必要的准备”，要求闽粤赣边党的工作方针“应以党的政治口号，放手发动群众，坚持与发展各武装据点，实行人民武装自卫的斗争，并领导群众实行革命的两面政策，掩护党的工作，发展和保护群众利益，以达到树立华南革命根据地的右翼基础的目的”。同时要求闽粤赣边党组织和人民武装力量以一年为期建立星罗棋布的据点，准备在大规模内战时能起华南一翼的牵制作用。

中共闽粤边委根据中央8月9日的指示精神，结合边区党的工作和斗争实际，于8月27日至9月3日，在平和县水尖山召开紧急扩大会议，确定闽西南党组织和人民武装今后的方针任务是继续实行“荫蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”，分散到各地扩大武装，发展经济，开辟据点，着力做好宣传教育工作，使党员、干部、群众懂得党在新形势下的斗争策略。同年底新成立的中共闽粤边临时委员会又专门召集闽南特委负责白区工作的干部，研究在漳、泉、厦与安、南、同等地开展党的工作问题，决定抽调干部到上述地区恢复和发展党的组织，发动和平民主运动。会后闽南特委宣传委员、白区副特派员罗琳到漳州建立交通站。1946年1月特委增派张光（张秉荣）到安溪、南安协助罗琳开展工作。3月，罗琳按照闽粤边临委的部署在厦门召集张连、王新整、洪惠、何家沛开会，传达中共中央和闽粤边临委、闽南特委的指示，决定恢复安（溪）南（安）永（春）边区工作，准备开展自卫游击战争；指派张连去台湾了解情况，发展党员，建立组织；筹建中共厦门市委。为了进一步加强白区党的领导力量，同年7月，临委又调派陈华（廖益）到厦门、同安，准备部分接替罗琳的工作。同月，罗琳、陈华在厦门又召集张连等10多位干部开会，研究贯彻1945年4月23日至6月11日在延安召开的中国共产党第七次全国代表大会关于“放手发动群众，壮大人民力量”的方针和闽粤边临委关于“分散荫蔽，蓄力待机”“展开星罗棋布的支点工作”等指示，决定进一步加强台湾工作，从龙门调梁新民、林五地（庄牧）往台湾配合李法儒工作。这两次厦门会议，对闽西南白区党组织转变干部思想，明确党的工作方针、任务和斗争策略，适应新形势起了重要的作用。会议所确定的方针任务和解放战争时期安南同、厦门、台湾等白区党的工作走向是正确的，后来在实践中都取得了良好的效果。

日本投降后，中共中央及时通过华中局电示福建省委，要求福建党组织“必须独立自主地分析环境，解决问题，冲破困难，求得安全与发展”“本着过去一贯坚持斗争的精神，总结斗争经验，教育干部，并广泛宣传党的和平、民主、团结的三大口号”。1945年9月，福建省委遵照中共中央和华中局的指示精神，结合福建的斗争实际，发出了《关于目前形势与我们的方针任务的指示》（简称《九月指示》），明确指出“现阶段革命目标是推翻大地主、大资产阶级专政，实行新民主主义”；要求各级党组织必须积极发展军事力量，做好阻止敌人进攻的充分准备；“利用一切和平条件，保持与群众联系，加深敌人矛盾，强化自己力量，做到一般根据地巩固起来，准备强大的力量，粉碎敌人进攻”。闽中特委根据省委《九月指示》，决定恢复、巩固、发展各县的党组织，并把党员和游击武装分成4路，分别深入群众，进行恢复隐蔽基地的工作。1946年2月在福州召开的省委会议强调必须把利用和平条件，采取隐蔽形式积极发展革命力量，准备自卫战争作为当前的总任务。参加省委2月会议的闽中特委书记黄国璋于3月召开特委扩大会议，传达省委的指示。会后，闽中特委领导即分散到各个隐蔽根据地发动群众，恢复组织，建立据点。中共泉州中心县委及时地传达贯彻省委、闽中特委的指示精神，结合与国民党反动派大搞白色恐怖作斗争的经验，提出了“继续进行分散隐蔽，积极发展，开辟新区，恢复、巩固、壮大党的力量以应付反革命进攻”的方针。并决定做好三项任务，首先是筹集武装，发动群众，通过华侨购买枪械，加强武工队力量；其次是开展城市工作，打通交通线，开辟新区，调配一部分干部进入厦门筹建党的组织；第三是组织筹款斗争，解决经费问题。这些方针、任务的提出都是正确的，为后来泉州中心县委所属各级党组织和武装力量的发展奠定了基础。