国共重庆谈判期间，国民党泉州当局连续不断地对共产党进行“清剿”。泉州中心县委在极端艰难的环境中，采取分散隐蔽，积极发展，开辟新区的方针，恢复、巩固、壮大了党的力量。
1945年6月科任事件发生后，由于党的主要干部名单落入敌特手中，惠安、晋江沿海一带和德化等地的党组织都受到很大的摧残和破坏。直到1946年夏，整个泉州地区仍然处于国民党军警、特务白色恐怖之中。
面对敌特的白色恐怖，中共泉州中心县委及时地通知各县区党组织做好分散隐蔽工作，组织暴露的党员、干部妥善地转移，保护了不少同志。惠安县工委除刘祖丕转移外地外，刘森南、林平凡、张海天、王福庆、庄昌文、林初菊均就地分散隐蔽；永德大交通员林金榜转移南安；南安县工委的黄竹禄、黄荣琨和安海区委书记朱义斌相继转移海澄隐蔽；倪永图、郑星辉转往安溪；侯如海转往厦门，通过林文慈的关系隐蔽在鼓浪屿，坚持党的领导工作。
科任事件后仍在安溪秘密发展党的组织，打通交通线的许集美、郑种植、施能鹤挺进工作队，为贯彻泉州中心县委关于必须抓紧在厦门一带恢复、建立和发展党的组织，壮大党的力量的决定，又于1945年9月，通过海澄的关系转入厦门开展工作。晋江县工委书记郑家玄在国民党当局通缉搜捕的恶劣环境中，不顾个人安危，仍坚持在沿海侨乡进行秘密活动，积极发展党的力量，除派吴身乒到岑兜银江小学任教，从事党的联络活动外，还亲自在塘东、岑兜发展蔡友炳和李自力等一批革命青年入党，建立银江、塘东、衙口妇女、杆东平民4个党支部和工作据点。1946年初，黄竹禄曾潜回南安岭兜，以岭兜2个党支部为核心，向四周发展，先后恢复了岭兜13个基点。4月，林金榜也秘密地恢复了南（安）同（安）边区党的工作，建立了中共南同边区工委。惠安党的工作由原来的惠北、惠东片区向净峰、小岞一带转移。1946年初，泉州中心县委派王经贤到惠安开展革命工作，加强惠安党的领导力量。不久就成立中共惠安县工委，任命林平凡为书记，朱汉膺、张海天、王福庆为委员，仍归属泉州中心县委领导。此后，惠安县工委又恢复和发展了三朱、前林2个支部。
正当泉州中心县委所属党组织消除科任事件引起的危机初见成效的时候，新的挫折又发生了。
1945年冬，为贯彻省委关于“实行经济动员，加强党内外募捐运动，同时调查大的经济目标，出其不意进行筹款，完成经济计划”的决策，解决自身因科任事件组织党员、干部转移而造成的活动经费不足等困难，泉州中心县委书记侯如海决定开展一次经济斗争。经过几个月的调查和多次研究，确定了斗争对象——国民党晋江县参议员施胜利。施曾趁日本侵华大发国难财，扣压侨汇、海上走私都干过。1946年4月底，泉州中心县委得悉5月1日施胜利即将派信差施满前往泉州领取存款，决定采取行动。是日上午，泉州中心县委武工队一行9人隐蔽在晋江衙口钞坑小学待命。下午2时许，担任侦察的林拱震发现施满挑着2袋钞票从泉州方向沿石狮霞独桥走来，即派人报告侯如海，侯令武工队马上出发，在衙口后溪和林蒲内交界处动手拦截，把施满反绑在路旁山沟下即迅速撤离，由于绑扎不结实，不久，施满挣脱绳索直追武工队，并边追边喊：“土匪劫批银（侨汇）啦!”沿途不明真相的村民一听是“土匪抢劫”，自然纷纷协助追赶。国民党霞坡、石狮驻警闻讯也荷枪实弹、全部出动。陈相镖和林拱震当场即被警察的枪弹击中，不幸牺牲。陈幼时跑到烧灰铺，因支持不住昏倒而被捕遭毒打，甚至其头颅也被砍下悬挂在泉州钟楼示众。刘廷都、刘廷来、李秋水3人被捕后，被囚禁在泉州开元寺省保安第九团团部严刑审讯，始终坚贞不屈，均于6月18日被活埋在泉州东岳山。王琼被捕后，组织上通过各种关系，用重金赎出，仅刘丕鸿、许远目2人脱险。这就是惨痛的五一事件。
以筹集经费为目的的这次经济斗争，由于侯如海对实施斗争的突发性情况估计不足，处置欠妥，导致中心县委6位重要的政治和军事骨干牺牲，党的力量又一次遭受严重的损失。6月，闽中特委针对五一事件造成的严重后果，调侯如海、许集美、李绵绵到长乐坑田，参加特委会议。会议首先传达刘少奇关于和平民主新阶段的报告和特委刚结束的大雾山会议精神，然后就泉州中心县委的组织问题进行了讨论。特委书记黄国璋批评了侯如海在领导筹款和其他方面所犯的严重错误，并要他作深刻检查。委员林汝楠、陈亨源、饶云山、粘文华以及陈振先、祝增华、高祖武也都对侯进行批评、帮助。会议决定：撤销侯如海党内职务，开除其党籍。同时任命许集美接任泉州中心县委书记，由许和李绵绵负责泉州地区党的整顿工作。
7月，许集美和李绵绵回到晋江，着手整顿党组织。因许多同志失散，组织混乱，给联络工作带来了极大困难，许集美便把黄竹禄、朱义斌、郑种植、施能鹤等从厦门调回，加强领导力量。接着通过各交通点联络，通知各县区领导干部陆续到南安岭兜三房集中。经过二三个月的汇拢，终于在同年10月正式召开泉州中心县委干部（扩大）会议。参加会议的有李绵绵、郑家玄、郑种植、许远目、黄竹禄、王经贤、朱义斌、朱义振、施能鹤、史爱珠、杨惠珠、林今言、林金镯、朱仁修、许寿汉、蔡文化、郑秀治、郑秀宝、郑秀凤、李淑英、陈英兰、刘庆等20多人。会议首先传达了闽中特委指示和坑田会议关于处理侯如海的决定。
许集美总结了科任事件和五一事件的沉痛教训，做了开展整风学习的报告，启发同志们自觉联系实际，开展批评与自我批评，抵制和纠正错误思想，端正作风，加强组织纪律性，争取做一个合格的共产党员。与会同志在批评侯如海所犯错误的同时，自觉地检查了各自的非无产阶级思想。这次整风，自始至终坚持批评与自我批评的原则和“惩前毖后，治病救人”的方针，使大家受到一次极其深刻的思想教育。
岭兜会议还在整风学习的基础上，重新调整了组织分工：郑家玄负责晋江县；许远目（后叛变）负责上南安一带；黄竹禄负责中南安一带；朱义斌负责晋南同边区；施能鹤、史爱珠负责安南永地区；王经贤和未到会的林平凡、张海天负责惠安县；郑种植、林今言负责厦门、海澄一带；李绵绵负责中心县委机关。这次整风是泉州中心县委经历科任事件、五一事件之后从挫折走向胜利的一个重要转折点。
会后，各县区工委负责人分赴各地，积极开展党组织的恢复工作。在晋江成立了内坑区工委，直属泉州中心县委领导。晋江县工委还派倪永图、郑星辉到香港活动，在安溪成立了新康工委等党组织。年底，泉州中心县委派林金妙为特派员，配合安南永工委到永春桂地一带开辟游击据点，组建一支30多人的桂地武工队；派党员到海（澄）（漳）浦边界发动群众，逐步开辟了隆教、浯屿、官浔、浮宫、过新等新区。
1946年6月，蒋介石悍然发动全面内战。国民党福建当局对中共组织和人民武装的“清剿”也随之升级。驻扎泉州的省保安第九团及各县保安自卫队向晋江、南安、惠安、同安、安溪、永春、德化等县的中共组织和人民武装进行疯狂地“清剿”。
为粉碎敌人的进攻，中共泉州中心县委把筹集枪械、建立党的游击武装作为重点工作。针对侨眷中大多拥有防盗自卫的枪支弹药的情况，派出侨属党员干部尤其是妇女干部深入侨乡，广交朋友，宣传党的侨务政策，启发其革命觉悟，有计划、有组织地把分散在各地的自卫武装，逐步引导到党领导的人民武装队伍中来。在后来泉州地区乃至闽中地区进行的自卫游击战争中，发挥了重要作用。
1947年2月，经闽浙赣区党委批准，泉州中心县委恢复委员制，由许集美、郑家玄、黄竹禄、朱义斌、郑种植、施能鹤、王经贤等7人组成，许集美任书记。辖晋江、晋南同、安南永、厦门、惠安、泉州和香港等地的党组织。各县区工委也先后健全了组织，逐步成为本县区的领导核心。
早在抗战胜利前夕，中共中央就指示闽粤边委加强一切必要的准备，巩固和发展边区的据点，要求闽南除恢复本身据点外，应向安溪、南安、永春布点。
抗战胜利后，闽南特委即决定恢复安南同地区党组织的活动，龙门党组织曾提出“积极开辟新区，大胆发展组织”和“以龙门为中心，向四面发展，在安南同边区四周，造成星罗棋布的组织网点”的行动口号。为此，目场支部积极向同安梧峰、半岭推进，并派人到同安一些农村去打短工，开展活动。仙地一线也推进到同安境内的水洋村。洪庆礼则从内安溪山区前往靠近长泰的肚蒂村，在那里找到立足点，以当教员作掩护，开展党的工作。与此同时，白宗兰也通过镇长李志扬推荐，担任宝溪中心小学校长，争取到罗岩乡的一个教育阵地，为龙门党组织向外发展准备了条件。
罗岩地处安溪、长泰交通要道，是龙门党组织开辟通向闽南特委交通线的一个前进支点。1945年9月，为开辟新区，打通与特委联系的长泰、漳州交通线，龙门党组织派白宗兰、梁新民带领一批青年到罗岩宝溪中心小学任教，开展革命活动。后发展了林明发、林五地、白玉函等进步青年入党。翌年9月，建立了中共宝溪中心小学支部，书记白宗兰，党员7人。宝溪中心小学党支部在组织内部倡导一种好风气、好制度，他们通过讨论，决定所有从龙门到宝溪小学工作的同志均只发生活费，工资中除去生活费的节余部分一律交给组织保管使用，主要作为党的活动经费，有时也用作补助有困难的同志。
1946年1月，闽南特委为开辟厦门、漳州一带工作，将副特派员罗琳从龙门调往漳州，同时派原在广东大埔工作的干部张光到龙门，领导安南同白区党的工作，促进龙门党组织的发展。2月，为开展学生运动，建立与漳州罗琳联系的联络点，安南同党组织派林金狮、林锦虎、林火撰、林文经等往集美学校和商校读书，开展学运。林金狮等通过在学校组织的“时事研究会”，揭露蒋介石假和平、真备战的阴谋。同时，还建立了集美、厦门联络站。6月，通过上层人士的推荐，中共党员林文芳任龙门镇代镇长，林文荐任副镇长。7月，成立中共龙门镇公所特别支部，书记林文芳。安南同白区工作基地党的工作进一步发展。张光离开龙门往南安开辟新区工作前夕，把龙门地区党的领导工作交给林敬平（林清安）。9月1日，张光在龙门主持成立中共龙门区工作委员会，书记林敬平、组织委员林泗泰、宣传委员林水芸。下辖龙门镇公所、目场、龙门小学、仙地小学、宝溪小学等6个党支部。此后，在区工委的领导下，通过党组织控制的“白皮红心”政权，采取各种办法发动群众，取得了反征兵、反征粮、反征税斗争的胜利，保护了群众的利益。
1946年8月，为恢复安南永边区，加强南安诗淘码（诗山、金淘、码头）地区的工作，张光从龙门带林锦虎（党员）到南安码头成功中学任教，并先后调龙门党员林明发、白冲、许培贤等进南安师范求学，与洪惠会合。9月间，建立了中共南安师范支部，书记洪惠，党员6人，归张光领导。10月，洪惠往上海暨大续学，书记张光兼任。
闽南特委所属党组织是以安南同（主要是安溪县龙门镇）为基地，以抗战后期吸收的知识分子党员作骨干，逐步向周围市镇学校和外地发展的，对新党员采取单线联系，严格组织生活，做到发展一批，巩固一批，这就使城市工作和爱国民主运动的开展有了坚强的领导核心。
